Le projet de recherche NIRHOFEX, piloté par l'équipe de chimie environnementale de Chrono-environnement, sur la présence de substances dangereuses dans les rejets de la filière traitement de surface, a été retenu comme l'un des 8 projets exemplaires pour l'eau par l'Agence de l'Eau dans son prochain livre « De l'eau dans les mains ».

Ce livre ainsi qu'une vidéo des partenaires et acteurs, des enjeux et des résultats de NIRHOFEX ont été présentés en avant-première lors du grand colloque sur le thème «L'eau, levier de croissance des territoires» que l'Agence de l'Eau a organisé le 16 octobre au Centre de Congrès de Lyon.

Contact : Nadia MORIN-CRINI

Article lié :
Le projet Nirhofex en vidéo pour comprendre les enjeux, les acteurs de l'eau franc-comtois et les résultats
Bilan du projet NIRHOFEX à mi-parcours

Li Shuangnanétudie les sciences vétérinaires dans le cadre de son Master à l'Institut de recherche vétérinaire de Lanzhou. Elle effectue un stage à Besançon au laboratoire Chrono-environnement du 19 octobre au 20 décembre 2015 dans le but de se former sur les méthodes moléculaires de détection d'Echinococcus multilocularis dans les fèces de carnivores. Son travail de laboratoire sera supervisé parJenny Knapp, ingénieur d'études et de recherche clinique etEve Afonso,maître de conférences.

Li Shuangnan. Here for 2 month

I come from Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences.

What is your background before coming to the lab ?

I am a student of Chinese Academy of Agricultural Sciences and it is the second year for me to study for a master degree of Veterinary.
I come to this lab in order to detect the samples collected by our lab and the Chrono-environment lab and then study how to test samples by real-time quantitative PCR method.

What is your research topic and what will you do during your stay here ?

My research topic is “Echinococcus multilocularis infections in China” . During my stay here, I will do the DNA extraction with Eve Afonso, train on molecular methods developed by Jenny Knapp and colleagues to detect Echinococcus multilocularis in carnivore faeces and similar techniques.

What is surprising you in France, how do you feel here ?

I was surprised by the delicious foods, the enthusiastic local resident, distinctive building, fresh air. I feel relaxed and enjoy every day here.
You can find me in Chrono-environment lab of -213K office.

Read more : Long term monitoring in south Gansu, China

Typhaine Guillemot a le plaisir de vous inviter à la soutenance de sa thèse intitulée, "Réponses sédimentaires et moléculaires des remplissages lacustres groenlandais aux changements climatiques holocènes et à l'évolution des pratiques agropastorales". Elle aura lieu le vendredi 4 décembre à 14h, dans l'amphithéâtre Jacquemain (Bâtiment propédeutique) sur le campus de la Bouloie, UFR Sciences et Techniques, 16 route de Gray, à Besançon.

Invitation et plan à télécharger ici

Résumé

Dans le cadre du changement climatique global, mieux comprendre les interactions Hommes/Environnement/Climat au sud-ouest du Groenland est aujourd'hui un enjeu majeur pour développer des stratégies d'adaptation tout en préservant au mieux les écosystèmes. Pour cela, une approche rétrospective a été réalisée sur trois séquences lacustres retraçant l'histoire paléo-environnementale sur les 5000 derniers millénaires.
Le lac d'Igaliku (N61°00'22'', O45°26'28''), situéà 2 km de la capitale épiscopale médiévale au coeur de la région agricole groenlandaise, a une sédimentation principalement influencée par les activités anthropiques. Un inventaire moléculaire complet a été réalisé sur cette séquence pour caractériser les dynamiques agropastorales passées et leurs impacts sur les écosystèmes. Les biomarqueurs fécaux identifiés ont notamment permis de mettre en évidence deux phases agropastorales majeures (la période d'occupation viking et la période récente) séparées par le Petit Âge Glaciaire (PAG) et caractérisées par un élevage prédominant d'ovins. Les biomarqueurs moléculaires de végétation (n-alcanes, acétates de triterpényles) couplés à des données palynologiques montrent une réduction du couvert arbustif au cours de ces deux phases. Par ailleurs, les biomarqueurs d'érosion des sols (TTHCs), couplés aux données sédimentaires, indiquent une érosion drastique autour des années 1980 lors de la création de parcelles de fourrage par labour mécanisé. De même, ce n'est que sur le dernier siècle qu'une altération de l'état trophique du lac d'Igaliku associée à des pratiques de fertilisation des parcelles de fourrage sont observées avec une augmentation des chaines courtes d'n-alcanes et plus particulièrement des diatomées mésotrophes.
Les lacs de Qallimiut (N60°43'27'', O45°23'12'') et de Little Kangerluluup (N60°38'32'', O45°38'11''), situés en contexte faiblement anthropisé, sont alimentés par des tributaires à forte variabilité hydrologique. Ils correspondent à des systèmes sédimentaires dominés par des apports clastiques sous contrôle climatique dominant. Afin d'améliorer la résolution spatiale et temporelle des changements climatiques holocènes dans cette région, une étude sédimentaire multi-paramètre a été réalisée sur ces deux sites. Des analyses pétrophysiques, granulométriques, minéralogiques et géochimiques ont mis en évidence des niveaux de crues fréquents au cours des épisodes froids et humides comme la transition Milieu/Fin de l'Holocène (ca. 2500 BC), la transition Sub-boréal/Sub-atlantique (ca. 700 BC) et le PAG (entre ca. 1300 AD et ca. 1900 AD), synchrones à des périodes de minimas solaires. Ces épisodes de détériorations climatiques ont particulièrement influencé les sociétés humaines successives installées dès ca. 2500 BC au Groenland. Un maximum de fréquence de crues et une baisse drastique des températures sont notamment enregistrés pendant le PAG, indiquant qu'il s'agit de l'épisode le plus froid enregistré au sud du Groenland au cours de la seconde moitié de l'Holocène, responsable en grande partie de l'abandon de ces terres par les agriculteurs vikings au milieu du XVe siècle.

Abstract

In the current context of global change, understanding the interactions between Human/Environment/Climate is necessary to develop adaptive strategies and preserve ecosystems. A retrospective approach is therefore realized in three lacustrine cores to reconstruct the paleo-environmental history during the last five millennia.
Lake Igaliku (N61°00'22'', W45°26'28''), located at 2km from the medieval episcopal cathedral in the historical farming center, has a sedimentation mainly driven by anthropogenic activities. A complete molecular inventory has been made on this sequence to characterize past agropastoral dynamics and their impacts on south Greenlandic ecosystems. The identified fecal biomarkers revealed two agropastoral phases, during the Norse settlement and recently, separated by the Little Ice Age (LIA) and mainly characterized by sheep breeding. Vegetation molecular biomarkers (n-alkanes, triterpenyl acetates) and palynological data showed a reduction of trees and shrubs cover during these two periods especially. Erosion biomarkers (TTHCs) and sedimentological data identified only one drastic erosion since the 1980s synchronous with the mechanized creation of fodder parcels. Moreover, an eutrophication of the lake waters was recorded with short chain length n-alkanes and mesotrophic diatoms.
Lake Qallimiut (N60°43'27'', W45°23'12'') and Little Kangerluluup (N60°38'32'', W45°38'11''), less impacted by anthropogenic activities, are fed by major streams influenced by hydrological variations. Their sedimentation is therefore mainly driven by climate changes. To improve the temporal and spatial resolution of climate changes during the Holocene, a multi-proxy sedimentological study was made on these two sites. Petrophysical, mineralogical and geochemical analyses have identified flood events especially occurring during cooler and wetter periods such as the Middle to Late Holocene transition (ca. 2500 BC), the Sub-boreal/Sub-atlantic transition (ca. 700 BC) and the LIA (between ca. AD 1300 et ca. AD 1900). These climate pejorations have impacted local human societies. For example, during the LIA, a maximum of flood events and drop of temperatures are recorded, partly responsible of the Norse demise.

Composition du jury :

Pierre Francus, Professeur des Universités, INRS de Québec, Rapporteur
Christian Di-Giovanni, Professeur des Universités, Université d'Orléans, Rapporteur
Martine Régert, Directrice de recherche CNRS, CEPAM UMR 7264, Université de Nice, Examinatrice
Dominique Marguerie, Directeur de recherche CNRS, CReAAH UMR 6566, Université de Rennes, Examinateur
Hervé Richard, Directeur de recherche CNRS, Chrono-environnement UMR 6249, Directeur
Vincent Bichet, Maître de conférences, Université de Franche-Comté, Co-Directeur

François BERTHELON, président du Conseil économique, social et environnemental régional de Bourgogne vous invite à assister à la visio conférence

VIVRE ENSEMBLE LE CHANGEMENT CLIMATIQUE : du constat à l'action
MARDI 24 NOVEMBRE 2015
de 10h15 à 12h30
retransmise en direct de Dijon
à l'université de Franche-Comté
Amphi A, Bât Métrologie, UFR Science et Techniques, 16 route de Gray, Besançon

Ce rendez-vous offrira la possibilité de mieux comprendre le réchauffement climatique et de poser des questions aux intervenants invités, notamment Jean Jouzel, climatologue et glaciologue, vice-président du GIEC depuis 2002, et Allain Bougrain-Dubourget Allain Bougrain-Dubourg, journaliste, producteur et réalisateur de télévision.

Les 5 et 6 novembre 2015 à Neuchâtel et les 12 et 13 à Besançon auront lieux les séminaires de masters franco-suisse. Ces journées intensives réunissent les étudiants en archéologie des Universités de Bourgogne, Franche-Comté, Neuchâtel et Fribourg. Le sujet, cette année, aborde les "Terroirs, pratiques agricoles et dynamiques paysagères". Programme détaillé des conférences et débats page suivante.

Organisé avec le soutien de l'ambassade de France à Berne

Cours de deux jours en Suisse

Terroirs, pratiques agricoles et dynamiques paysagères

Programme des jeudi 5 et vendredi 6 novembre 2015
Laténium, Parc et musée d'archéologie, espace Paul Vouga, Hauterive, Ct. Neuchâtel
Discussions, animation des débats et synthèse par Matthieu Honegger, Hédi Dridi, Véronique Dasen, Stefan Wirth et Emilie Gauthier

Jeudi 5 novembre

PRÉHISTOIRE

10h30 Ce que l'on sait des pratiques agricoles du Néolithique et de l'âge du Bronze, par le biais des artefacts et des écofacts trouvés dans les stations littorales. Prof. Matthieu Honegger, Université de Neuchâtel

12h00 Pause-repas

13h30 Visites de l'exposition temporaire du Laténium

14h00 Le projet du Plateau de Bevaix (Neuchâtel) : dynamique paysagère et terroirs. Dr. Judith Becze-Deak, Service d'archéologie de Neuchâtel

15h30 Pause

16h00 Dynamique paysagère dans les Alpes valaisannes. Dr. Michel Guélat, SEDIQUA Géosciences, Delémont

17h30 Fin de la journée

Vendredi 6 novembre

ANTIQUITÉ

9h45 Présentation. Hédi Dridi, Université de Neuchâtel et Véronique Dasen, Université de Fribourg

10h00 Les traces archéologiques de la culture de la vigne. Philippe Boissinot, Maître de conférences à l'EHESS, Laboratoire TRACES, UMR 5608 du CNRS, Toulouse

11h30 Discussion

11h45 Pause-repas

13h00 Musarna (province de Viterbe) : cultures et territoire. Vincent Jolivet, Directeur de recherches au CNRS, UMR 8546 - AOROC, Paris.

14h30 Discussion-Pause

15h00 Les jardins de Lucullus sur le Pincio à Rome.
Vincent Jolivet, Directeur de recherches au CNRS, UMR 8546 - AOROC, Paris.

16h00 Discussion et synthèse de la journée

Cours de deux jours en France

Terroirs, pratiques agricoles et dynamiques paysagères

Éléments du programme des jeudi 12 et vendredi 13 novembre 2015

Laboratoire Chrono-environnement, UMR 6249 CNRS
Besançon, Université de Franche-Comté
Discussions, animations des débats et synthèse par Emilie Gauthier, Stefan Wirth et Matthieu Honegger

Jeudi 12 novembre

10h30 Le peuplement du Morvan depuis le Néolithique : approche paléoenvironnementale. Isabelle Jouffroy (IE CNRS, Laboratoire Chrono-environnement/UFC)

Le peuplement du Morvan à la période médiévale : approche archéologique et historique. Pierre Nouvel (MCF, Laboratoire Chrono-environnement/UFC) et Valentin Chevassu (Doctorant, Laboratoire Chrono-environnement/UFC).

11h30 : Discussion

12h00 Pause-repas

13h30 Le paysage culturel et la mémoire collective dans les sociétés de l'âge du Bronze. Zoran Cuckovic (Doctorant, Laboratoire Chrono-environnement/UFC)

14h15 Sous les forêts, les champs. Détection des vestiges agraires, des pratiques culturales et évolution des paysages. Laure Nuninger (CR CNRS, Laboratoire Chrono-environnement/UFC), Catherine Fruchard (Postdoctorante, MSHE/UFC et Clément Laplaige (Post-doctorant, MSHE/Université de Tour)

15h00 Discussion/Pause

15h30 Cultures, élevage et pratiques culturales à travers les redevances dans le domaine comtal à la fin du Moyen Age. Sylvie Bépoix (Laboratoire Chrono-environnement/UFC)

16h15 Pastoralisme et Haute Montagne : histoire des activités humaines en Basse Engadine (CH). Benjamin Diètre (Post-doctorant, Laboratoire Chrono-environnement/UFC)

17h00 - Discussion

Vendredi 13 novembre

9h30 Les régimes de feux au sud de l'Europe : processus éco-climatique et/ou héritage anthropique ? Boris Vannière (CR CNRS, Laboratoire Chrono-environnement/UFC)

10h15 Cultural contact, mobility and colonization in the shaping of Mediterranean landscapes. Ana Ejarque (Post-doctorante Marie Curie, Geolab Clermont-Ferrand)

11h00 Evolution du peuplement, des activités agropastorales et des paysages à Barcelone du Néolithique à l'actuel. Santiago Riera Mora (Prof, Université de Barcelone)

12h00 Pause-repas

13h30 Une mise en culture pérenne sur le temps long : dynamique naturelle et anthropique des terroirs viticoles de Bourgogne. Jean-Pierre Garcia (PR, Artehis/UB)

14h15 L'éboulement du Granier (Isère) : du néant à la construction d'un terroir. Comparaison des données historiques, cartographiques et paléoenvironnementales. Amélie Quiquerez (MCF, Artehis/UB) et Laurie Murgia (Doctorante, Laboratoire Chronoenvironnement/ UFC)

15h00-15h30 : Conclusion et fin

Guillaume Hallieza le plaisir de vous convier à sa soutenance de thèse, intitulée, "Pratiques, Prédateurs, Proies, Pullulation de Campagnols prairiaux et Biodiversité". Elle aura lieu le jeudi 5 novembre à 14h30, amphi Duffieux, au laboratoire Chrono-environnement, Bât. propédeutique, campus de la Bouloie, à Besançon.

Résumé de la thèse

Dans le contexte des grands bouleversements socio-économiques, technologiques et environnementaux des révolutions agricoles, les zones de montagnes sont souvent considérées comme favorables à la biodiversité et à des pratiques agricoles respectueuses de l'environnement. Pourtant, ces territoires subissent une pression anthropique réelle via l'agriculture ou la sylviculture menant à une des questions fondamentales du siècle à venir sur l'altération des ressources naturelles pas les activités anthropiques. Ces nouveaux systèmes agricoles ont entraîné l'émergence ou l'augmentation d'abondance d'espèces devenues des pestes agricoles. En raison des pertes de productions alimentaires, de la lutte chimique et des dégâts sur la faune non-cible, des réservoirs de zoonoses qu'ils représentent ou comme maillon essentiel des réseaux trophiques, les micro-mammifères et leurs pullulations représentent un domaine d'étude de première importance en écologie. Les politiques agricoles qui ont menéà une spécialisation des pratiques agricoles vers la production herbagère ont contribuéà favoriser l'apparition des pullulations de campagnols prairiaux (campagnol terrestre et campagnol des champs) via l'augmentation de la production végétale et une homogénéisation du paysage agricole dans le Massif Jurassien et le Massif Central. Tandis que certains prédateurs comme les petits mustélidés se spécialisent dans la consommation de ces micro-mammifères, d'autres prédateurs, considérés comme généralistes, présentent une réponse fonctionnelle alimentaire en adaptant leur alimentation à la disponibilité de la ressource. Cette réponse fonctionnelle peut être à l'origine d'un report de prédation sur des proies alternatives aux micro-mammifères. Parmi toutes ces espèces, la petite faune chassable et patrimoniale représente à l'heure actuelle des enjeux de gestion et de conservation marqués.

Cette thèse a pour but de comparer deux zones géographiques (vallée alpine de la Haute-Romanche et Massif Jurassien) présentant un degré a priori différent de connaissances sur les systèmes de pullulations de campagnols prairiaux. Nous avons, au travers de ce travail, comparé le phénomène de pullulation observé en Haute-Romanche avec les connaissances actuelles du Massif Jurassien. Nous avons également, par l'analyse de données de monitoring à long terme et la mise en place d'expérimentations de terrain, essayé d'apporter des informations quant aux relations entre proies et prédateurs dans un système de pullulation de campagnol prairiaux en milieu tempéré. L'objectif est de tenter une comparaison tant que faire se peut entre les deux zones géographiques pour améliorer la gestion de ces écosystèmes.
Notre premier travail fut d'analyser les données récoltées entre 1998 et 2010 pour caractériser le fonctionnement spatio-temporel du campagnol terrestre en Haute-Romanche. Nous avons également confronté ces données à l'histoire agricole de la vallée entre 1810 et 2003 à l'échelle parcellaire. Dans un premier temps nous avons constaté le scénario historique agricole similaire entre cette vallée de la Haute-Romanche et d'autres zones montagnardes européennes avec une spécialisation sur la production herbagère avec comme effet direct la disparition virtuelle des zones labourées, le cantonnement des zones de fauches dans les fonds de vallée et l'extension des zones de pâtures au reste des zones exploitées pour l'agriculture. En se basant sur ces données, nous avons pu mettre en évidence un lien corrélatif à l'échelle parcellaire entre l'occupation du sol actuelle et l'intensité de la pullulation du campagnol terrestre. Les zones pâturées ont présenté une amplitude de l'abondance en campagnol terrestre moins importante que les zones fauchées. L'occupation agricole actuelle étant directement dépendant de l'histoire agricole de la vallée, il apparaît vraisemblable que la spécialisation agricole vers la production herbagère dans cette vallée est, comme dans le Jura, à l'origine du développement de cet épisode de pullulation du campagnol terrestre.
Hormis la cyclicité du phénomène qui reste à observer compte tenu de son aspect nouveau dans cette vallée, il existe de grandes similitudes avec les connaissances déjà acquises dans le Massif du Jura et en Auvergne. Ainsi, le développement de la pullulation à l'échelle parcellaire montre un processus étalé sur environ 5 années avec au moins une période de pic puis un période de déclin et une période de faible abondance. D'un point de vue spatial, l'épisode de pullulation a montré une diffusion spatiale sous la forme d'une vague de colonisation canalisée par le relief, partant du Nord-Ouest puis remontant la vallée de la Romanche vers l'Est.
Dans le département du Doubs, après avoir tenu compte des tendances temporelles des données et de l'impact des traitements rodenticides sur notre zone d'étude, il apparait qu'il existe une relation statistique négative entre l'abondance relative du lièvre d'Europe et celle du renard roux. Dans le même temps il existe également une relation positive entre l'abondance relative en lièvre d'Europe et celle du campagnol terrestre. Cette dernière peut être considérée comme une indication d'un potentiel report de prédation du renard roux sur le lièvre d'Europe. Néanmoins cette conclusion présente comme limite majeur le fait de ne jamais inclure d'analyse de régime alimentaire du renard roux durant la même période nécessaire pour renforcer l'hypothèse du report de prédation de cette espèce en particulier. En travaillant sur la récolte de fèces de renard roux en Haute-Romanche, nous avons observé que sur des parcours fixes nous récoltions 4 à 5 fois plus de fèces en automne qu'en été et que durant l'automne les fèces étaient situées plus près des zones habitées. Concernant cette dernière observation, l'hypothèse proposée est la diminution ou la disparition de ressources alimentaires estivales et la dégradation des conditions climatiques en altitude forçant les renards roux à redescendre dans la vallée. Nous avons observé une forte occurrence d'insectes (et notamment d'orthoptères) dans le régime alimentaire du renard. Le campagnol terrestre et les campagnols du genre Microtus représente les micro-mammifères à l'occurrence la plus élevée dans les fèces de renard roux. Il semble que deux types de réponse alimentaire existent pour le renard roux dans notre système Alpin. Le premier est caractérisé par un comportement opportuniste du renard roux avec l'augmentation commune de certaines ressources alimentaires simplement en lien avec leur disponibilité saisonnière. Dans le même temps, lorsque l'abondance en campagnol terrestre diminue, l'occurrence d'autres items alimentaires augmente (fruits, méso ou macro-mammifères indéterminés, petits mammifères indéterminés et Microtus spp.). Il apparaît difficile de conclure à un report de prédation du renard roux sur les ressources alimentaires présentées ci-dessus. Toujours sur ces deux zones d'études, nous avons développé une approche expérimentale de la prédation par ajout et surveillance photographique d'une nouvelle « proie » (un leurre carné). La guilde observée des prédateurs est composée à 50% par des mammifères dominés par le renard roux et les animaux domestiques (chat et chien), à 40% par l'avifaune prédatrice dominée par les corvidés et dans 10% des cas par des prédateurs non identifiés. Ce dispositif nous a permis de constater une différence de vitesse de découverte du leurre carné en fonction du type de prédateur. Ainsi l'avifaune prédatrice découvre plus rapidement les leurres carnés que la plupart des prédateurs terrestres (le chat domestique présentant la même réponse que l'avifaune). La catégorisation en deux grandes typologies du paysage n'as pas permis de détecter d'effets de ce dernier sur la consommation du leurre. En utilisant une approche par analyses de données satellitaires, nous avons détecté un effet positif de l'augmentation de biomasse végétale sur la survie du leurre carné plaidant pour l'hypothèse d'un effet protecteur de la densité végétale. Néanmoins, au vu de la faible part de variance expliquée par notre approche nous nous devons de rester prudents quant à cette observation.

La relation statistique positive entre l'abondance de certains prédateurs (renard roux, corneille noire, milan royal) et l'abondance en campagnol terrestre que nous observons nous permet d'envisager une réponse numérique partielle des prédateurs via une mobilité spatiale d'une zone de pullulation à une autre. Ce résultat s'affirme comme une information nouvelle dans des systèmes tempérés tels que nos zones de moyennes montagnes. Nous avons montré une relation positive entre la survie du leurre carné et l'abondance relative en campagnol terrestre. Ce résultat représente à nouveau une indication de l'existence potentielle d'un report de prédation dans notre expérimentation. La reconduction de ce dispositif dans la vallée alpine de la Haute-Romanche nous a apporté des observations similaires. Ceci nous a permis de renforcer nos conclusions concernant le faisceau d'indices plaidant en faveur d'un report de prédation et donc d'une réponse fonctionnelle des prédateurs. Cependant, la faible part de variance expliquée dans chacune de nos analyses dans les deux zones d'études met en question l'importance du phénomène en regard des autres sources de variations dans ce type de système à multiples ressources alimentaires et nombreuses interactions possibles.
En matière d'apport technique, ce constat amène donc à une réflexion à engager sur les moyens à mettre en œuvre pour limiter ce report de prédation potentiel sur des espèces dont le statut de conservation est déjà fragilisé. Un des résultats est la présence possible d'un effet positif qualifiable « d'effet refuge » de la biomasse végétale sur la survie des leurres carnés. La conclusion de cette thèse renforce l'idée qu'il faut attaquer la problématique globale du campagnol terrestre à la source en travaillant sur une rediversification paysagère. Concernant la prédation, les outils de régulation doivent être utilisés après concertation avec les différents organismes institutionnels en raison des questions économiques, éthiques et sanitaires qu'ils soulèvent. Pour renforcer les actions de terrain, la première des actions est le renforcement des systèmes d'observations de la faune sauvage sur le long terme et sur de larges échelles spatiales pour mesurer les effets potentiels des actions de gestion entreprises.

Composition du jury

Xavier LAMBIN (Professeur, University of Aberdeen, Aberdeen (Uk)) Rapporteur
Marie-Lazarine POULLE (Docteur HDR, CERFE Université de Reims Champagne-Ardenne (Fr)) Rapporteur
Patrick GIRAUDOUX (Professeur, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Besançon (Fr)) Directeur
François RENAULT (Docteur, Fédération Départementale des Chasseurs du Doubs, Gonsans (Fr)) Co-encadrant
Claude FISCHER (Professeur, Haute école du paysage, d'ingénierie et d'architecture de Genève, Genève (Ch)) Examinateur
Bertrand GAUFFRE (Chargé de Recherches, Centre d'Etudes Biologiques de Chizé, Villiers-en-Bois (Fr)) Examinateur

Simon Bellea le plaisir de vous inviter à la soutenance de sa thèse, intitulée : "Réponse du cycle du carbone des lacs aux changements environnementaux et climatiques. L'approche paléolimnologique pour appréhender les facteurs de contrôle et l'évolution temporelle." La soutenance se déroulera le mardi 17 novembre à 14h, dans l'amphithéâtre Croisot sur le site de la Bouloie à Besançon.

Invitation

Résumé

Les écosystèmes lacustres jouent un rôle fonctionnel important dans la régulation du cycle global du carbone. En effet, ils participent à la séquestration du carbone organique par un phénomène d'enfouissement dans les sédiments lacustres, constituant un véritable puit de carbone. Toutefois, il a récemment été démontré leur implication significative dans l'émission de gaz à effet de serre, et notamment de CH₄ biogénique. La majorité du CH₄ produit lors de la phase de méthanogénèse va cependant être utilisée comme source d'énergie et de carbone par une partie de l'édifice trophique. Le développement de bactéries méthanotrophes, permettant l'oxydation biologique du CH4, constitue une ressource importante pour certains organismes aquatiques, notamment les larves de Chironomidae. La dépendance des réseaux trophiques au CH₄ constitue ainsi une voie de transfert complémentaire du carbone organique dans les réseaux trophiques. La reconnaissance de ce processus étant récente, les facteurs de contrôle de sa mise en place et de son évolution temporelle sont encore mal connus. La méthodologique de ce travail se base sur une approche diachronique reposant sur l'utilisation de séquences sédimentaires lacustres. Dans ce travail de thèse, nous avons considéré le compartiment benthique (sédiments lacustres et biocénoses associées) comme une résultante fonctionnelle du métabolisme global du lac, puisqu'il intègre la somme des interactions potentielles entre tous les compartiments (allochtone, pélagique et benthique). Le déploiement d'une stratégie multi-descripteurs, couplant paléo-entomologie, biologie moléculaire et biogéochimie, avait pour objectif de reconstituer à la fois le fonctionnement trophique des réseaux benthiques, mais également l'évolution temporelle des facteurs de contrôle potentiels. La mise en application de cette stratégie méthodologique a nécessité le développement et la calibration de nouveaux descripteurs pour les archives sédimentaires. Des outils innovants ont pu être mis au point afin de caractériser les différentes composantes des processus trophiques étudiés. Ainsi, l'étude des isotopes stables de l'hydrogène appliqués aux restes subfossiles de Chironomidae et l'analyse de l'ADN ancien de bactéries méthanotrophes ont été appliquées pour la première fois dans des études paléolimnologiques afin de caractériser deux étapes essentielles du cycle du CH₄ : la méthanogénèse et la méthanotrophie. La compréhension des influences respectives des différents facteurs de contrôle a permis de mettre en évidence un changement de paradigme caractérisé par une bascule d'un contrôle naturel (géomorphologique et/ou climatique) vers un contrôle essentiellement anthropique des écosystèmes lacustres. Les activités anthropiques s'exerçant sur le bassin versant des lacs (vectrices d'apports diffus en nutriments) deviennent alors le principal moteur de la dynamique de la trajectoire écologique des lacs étudiés.

Jury composé de :
Abril Gwenaël, Rapporteur, UMR 5805 EPOC, Univ. Bordeaux
Heiri Oliver, Rapporteur, Institute of Plant Sciences, Univ. Bern
Bec Alexandre, Examinateur, UMR 6023 LMGE, Univ. Clermont
Domaizon Isabelle, Examinatrice, UMR 042 CARRTEL, Univ. Savoie-MtBlanc
Magny Michel, Directeur de thèse, UMR 6249 Chrono-environnement, Univ. FC
Millet Laurent, Co-directeur de thèse, UMR 6249 Chrono-environnement, Univ. FC
Verneaux Valérie, Co-directrice de thèse, UMR 6249 Chrono-environnement, Univ. FC

Ingénieur hospitalier Principal (Docteur es Sciences, Habilitéà diriger des Recherches)- Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU de Besançon

Contact : Gabriel.Reboux chez univ-fcomte.fr

Main employer : (as Sanitary Engineer) University hospital of Besançon Jean Minjoz Hospital, Department of Parasitology and Mycology 2 Bd Fleming, 25030 Besançon cedex, France

Research team affiliation : (as associated senior Researcher) UMR/CNRS 6249 “Chrono Environnement”

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Thèmes de recherche : Populations, Territoires et Environnement

Sous-rubrique : Ecologie de la Santé
Recherche des agents étiologiques des Pneumopathies d'Hypersensibilité (PHS) : maladie du poumon de fermier (PDF), maladie du poumon de mécanicien (PDM) et Poumon d'éleveurs d'oiseaux (PEO).

Ecologie des micro-organismes des produits agricoles et prévention des PHS.

Diagnostic environnemental et sérologique des Pneumopathies d'Hypersensibilité d'origines professionnelles et domestiques.

Caractérisation des logements insalubres ou hébergeant des patients allergiques et impact sanitaire des moisissures de l'habitat, y compris pour le risque infectieux.

Etude des interactions acariens / moisissures et impactes sur la santé.

IN ONE GLANCEG. Reboux is an expert in fungal communities and biodiversity with a special focus on respiratory risks assessment in occupational diseases. He has a strong experience on serological diagnosis of hypersensitivity pneumonitis (HP) (farmer's lung disease, metalworking fluids HP, bird fancier's lung and housing HP…) with a specific activity for self-made- production of numerous kind of antigens (total extract, somatic and metabolic antigens, and protein and recombinant antigens). He drives several epidemiologic studies on various environmental areas and revisits regularly the professional situations to estimate the changes in the biodiversity to adapt the serological tests for the diagnosis.

Points forts de mes activités de recherche :

Forte transversalité du terrain au diagnostic sérologique, en passant par l'écologie microbienne de divers milieux (agricole, domestique, industriel).

Augmentation des champs investigations, au-delà de la microbiologie et de la sérologie vers des agents toxiques d'origine microbienne (mycotoxines, endotoxines) (Pr F. de Blay CHU de Strasbourg) et la physiopathologie des pneumopathies d'hypersensibilté (Pr S. Bretagne, CHU de Créteil).

Prise en charge de l'évaluation de l'impact des moisissures de l'environnement dans les maladies allergiques dont l'impact sanitaire ne cesse de croître (30 % des populations européennes).

Développement de collaborations internationales :

Dr R. Samson, Dr G.S de Hoog mycologue Utrecht (Pays Bas)
Pr P. de Vuyst pneumologue Bruxelles (Belgique)
Dr I. Warfolomeow, spécialiste en prévention professionnelle Mainz (Allemagne)

Valorisation immédiate en ce qui concerne le diagnostic sérologique des PHS (Centre de Référence des Maladies Pulmonaires Rares Adultes) et à moyen terme pour la commercialisation des antigènes conçus.

Bibliographie :

COMMUNICATIONS (Since 1987) 114 manuscripts in peer-reviewed journals and 10 in non peer-reviewed 5 book chapters

34 presentations as an invited speaker and 208 as a selected abstract in national (116) and international meetings (44). Others 51

Publications dans des revues avec comité de lecture

2015

BARRERA C, ROCCHI S, RICHAUD-THIRIEZ B, CYPRIANI B, ROGNON B, ROUSSEL S, REBOUX G, GRENOUILLET F, VALOT B, CARDOT-LABOISSIERE A, DALPHIN J-C, MILLON L. Using DELFIA assay to Measure Serum Aspergillus fumigatus-Specific IgE. CVI 2015 [In Press].

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ROCCHI S, REBOUX G. Nécessité d'une approche multi-organismes dans l'évaluation de l'exposition en milieu intérieur Bulletin de veille scientifique. Santé Environnement Travail. Anses Ed. 2015, n°26, (In Press).

ROCCHI S, REBOUX G. Allergènes impliqués dans les maladies respiratoires allergiques : vers une évaluation biologique multi-factorielle ? Bulletin de veille scientifique. Santé Environnement Travail. Anses Ed. 2015, n°28, (In Press).

ROGNON B, BARRERA C, MONOD M, VALOT B, ROUSSEL S, QUADRONI M, JOURNEAU S, COURT-FORTUNE I, CAILLAUD D, FELLRATH J-M, DALPHIN J-C, REBOUX G, MILLON L. Identification of antigenic proteins from Lichtheimia corymbifera for farmer's lung disease diagnosis. CVI 2015 [In Press].

ROGNON B, REBOUX G, ROUSSEL S, BARRERA C, DALPHIN J-C, AUBERT J-D, FELLRATH J-M, MONOD M, MILLON L. Western blot analysis as a performent tool for farmer's lung disease diagnosis : validation of Lichtheimia corymbifera proteins extracts. J Med Microbiol. 2015 Apr ;64(Pt 4):359-68. doi : 10.1099/jmm.0.000037. Epub 2015 Feb 9.

WILD P, DORRIBO V, PRALONG J, REBOUX G, OPPLIGER A, DANUSER B, KRIEF P, NICULITA-HIRZEL H. Respiratory effects of an exposure to wheat dust among grain workers and farmers : a longitudinal study. Occup Environ Med. 2014 Jun ;71 Suppl 1:A18-9. doi : 10.1136/oemed-2014-102362.58. [In Press].

Soumissions en cours :

BELLANGER AP, GBAGUIDI-HAORE H, PALLANDRE JR, VACHEYROU M, REBOUX G, BORG C, DALPHIN JC, MILLON L. Fungal QPCR and Th 17 detection in bronchoalveolar lavage fluids : complementary markers for the biological diagnosis of hypersensitivity pneumonitis diagnosis ? (soumis Resp 2015)

MILLON L, ROGNON B, VALOT B, BARERRA C, BELLANGER AP, ROUSSEL S, QUADRONI M, DALPHIN JC, MONOD M, REBOUX G. Common epitopes of Mycobacterium immunogenum and Lichtheimia corymbifera allow the diagnosis of Machine operator's lung and farmer's lung disease. (Soumis JACI 2015)

NAEGELE A, REBOUX G, VALOT B, SCHERER E, MILLON L, ROUSSEL S. Domestic mites quantification in dwellings by quantitative PCR : storage mites concentrations are they underestimated compared to the house dust mites concentrations ? (soumis Sci Tot Env 2015)

NAEGELE A, REBOUX G, VEIL-PICARD M, BELLANGER A-P, BOTEBOL M, LAPLANTE JJ, ANNESI-MAESANO I, ROCHE N, DEGANO B, BELLANGER A-P, ROUSSEL S, MILLON L, DALPHIN J-C. Impact of microorganisms in dwellings on the COPD in dairy farmers : the BALISTIC cohort. (Soumis Env Research 2015)

ROCCHI S, RICHAUD-THIRIEZ B, BARRERA C, GRENOUILLET F, DALPHIN J-C, MILLON L, REBOUX G. Responses to “Is the home environment an important factor in the occurrence of fungal events in cystic fibrosis ?” (soumis J Cyst Fibr 2015)

SCHERER E, VALOT B, VACHEYROU M, NAEGELE A, ROCCHI S, ROUSSEL S, MILLON L, REBOUX G. Quantification by qPCR of the pets and cockroach present at home : a new tool for evaluation of exposure and allergic risk. (soumis Int J Environ Health Res 2015)

A soumettre :

REBOUX G, GRENOUILLET FE, MILLON L, DESBOIS-NOGARD N, GRENOUILLET F. Bagassosis : disappeared or under-diagnosed disease ?

REBOUX G, METZGER F, ROUSSEL S, LEFEBVRE A, VACHEYROU M, DE VUYST P, THAON I, DALPHIN JC. Fungal contamination of wind instruments : immunological and clinical consequences on musicians.

REBOUX G, BELLANGER AP, GBAGUIDI-HAORE H, PLOUVIER E, MILLON L. Fungal aero-contamination surveillance controls in an old hospital : a lost cause ?

ROCCHI S, TISSERAND M, MILLON L, REBOUX G. Saprolegnia parasitica qPCR quantification in water : since the areas of high fish mortality in river to tap water.

BARRERA C, WILD P, DORRIBO V, LABOISSIERE A, PRALONG JA, DANUSER B, KRIEF P, REBOUX G, NICULITA-HIRZEL H. Immunoglobulins G and E responses of farmers and workers exposed to wheat.

2014

ROCCHI S, REBOUX G. Modèle expérimental invertébré et bioluminescence : de nouvelles voies pour accroître l'efficience de l'expérimentation animale. Bulletin de veille scientifique. Santé Environnement Travail. Anses Ed. 2014, n°24, [In Press].

BARRERA C, MILLON L, ROGNON B, QUADRONI M, ROUSSEL S, DALPHIN J-C, COURT-FORTUNE I, CAILLAUD D, JOUNEAU S, FELLRATH J-M, ZAUGG C, REBOUX G, MONOD M. Immunoreactive proteins of Saccharopolyspora rectivirgula for farmer's lung serodiagnosis. Proteomics Clin Appl 2014 ;8:971-981.

REBOUX G, H. GBAGUIDI-HAORE, AP BELLANGER, F DEMONMEROT, K HOUDROUGE, E DECONINCK, PR, X. BERTRAND, L. MILLON. A ten-year survey of general hospital corridors fungal aero-contamination : reliable sentinel to predict fungal exposure risk ? J Hosp Infect. 2014 May ;87(1):34-40. doi : 10.1016/j.jhin.2014.02.008. Epub 2014 Mar 25.

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Communications internationales 2005-2015 avec actes et comité de lecture :

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Principales responsabilités scientifiques et administratives (dont direction de thèses) :

Co-direction de thèses et masters :

TRANSFERT OF KNOWLEDGE

39 Students : PhD 5 ; Med & Pharm thesis 5 ; Sciences Master 12 ; Sciences License 9 ; other professional diploms10

Coopérations industrielles et valorisation (contrats, dépôts de brevets, logiciels) :

Contrats pour analyses de fluides de coupe : Française de Mécanique, Renault, PSA Peugeot Citroën, Quaker Chemical SA, Houghton, Stanley Tools

Contrats pour analyses de logements et d'environnements intérieurs : Réseau d'Allergologie de Franche-Comté, Mutualité Française Bourgogne (Logements), Villes de Besançon et Perrigny (écoles), SEDD (égouts), Ministère de la culture et Bibliothèque Universitaire de Franche-Comté (archives)

contrats pour l'analyses de fourrages : Mutualité Sociale Agricole du Doubs et MSA Tarn Aveyron Lot

Information scientifique & technique et vulgarisation :

ROUSSEL S, REBOUX G, DALPHIN JC, PIARROUX R. Alvéolites allergiques extrinsèques et exposition aux moisissures. Revue Française des Laboratoires 2005 ; 373 : 51-60.

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De BLAY F, CHARPIN D, REBOUX G. Allergie et habitat. Medi-text 2010 ; 7 :1-45.

Organisation de manifestations scientifiques :

Membre du comité d'organisation et du comité scientifique, organisateur du congrès de la Société Française de Mycologie Médicale qui a eu lieu à Besançon, les 24 et 25 Mai 2005.

Organisateur ducolloque EDMA (environnement des maladies allergisues) 14 et 15 Octobre 2013 (Besançon)

Conférences dans des réunions d'associations professionnelles :

1er forum Régional santé sécurité au travail en agriculture de la Mutuelle Sociale Agricole, 2003, Besançon.

Ministère de la Santé, Groupe de travail du Comité Sup. d'Hygiène Public de France " Habitat et moisissures" 2003-2006, Paris.

Comité Technique du Comté, 2004, Censeau.

Journées d'allergologie Max Bourgeois. 26 mars 2004, 2006, 2009, 2010, 2012, 2013

Conférences invitées :

REBOUX G. Erfahrungen mit pathogenen auf Bauernhöfen. Journées annuelles du groupe ALEX, 14-16 Novembre 2002, Bochum (Allemagne). Invitation du Pr. O. Buffe, Université de Bochum.

REBOUX G, ROUSSEL S, DALPHIN JC, PIARROUX R. Dwelling surveys in hypersensitivity pneumonitis management. Conférence ICIF Utrecht 17-19 Mars 2005. Invitation du Dr. R. Samson, Université d'Utrecht.

REBOUX G. Mycotoxines : effets sur la santé et interactions avec des composants organiques. Congrès Français d'Allergologie 14 Avril 2006. Invitation du Pr. G. Pauli, Université de Strasbourg.

REBOUX G. Impact des moisissures de l'habitat sur la santé respiratoire : principales espèces fongiques en cause. 11ème Congrès de Pneumologie de Langue Française. Lyon 5 Février 2007.

REBOUX G Les micro-organismes et leurs métabolites présents dans le milieu agricole et Evolution du diagnostic sérologique des pneumopathies d'hypersensibilité. Institut National de Médecine du Travail. Besançon 27 mars 2008.

REBOUX G, MILLON L. Microorganismes environnementaux en milieu agricole. 30éme Congrès national de Médecine et Santé au travail. Tours 3-6 Juin 2008.

REBOUX G. Intérêt des antigènes à la carte dans le diagnostic de poumon d'éleveur d'oiseaux. Congrès National d'Asthme et d'Allergie. Paris 18-20 juin 2008.

REBOUX G. Fréquence et biodiversité des moisissures de l'habitat et Impact sanitaire des moisissures de l'environnement (Projet ISMED). 5é Journée annuelle du Réseau Allergolor. Vittel 27 Septembre 2008.

REBOUX G, ROUSSEL S, ROGNON B, BELLANGER AP, GRENOUILLET F, DALPHIN J-C, MILLON L. Quoi de neuf dans le diagnostic des PHS ? Congrès Français d'Allergologie Paris 16 Avril 2009.

REBOUX G. Les recherches environnementales du Laboratoire de Parasitologie-Mycologie UMR/CNRS 6249 Chrono Environnement UFC. GRECAN, Caen 22 juin 09.

REBOUX G. Allergies respiratoires aux moisissures. (30min) Anaforcal Bourgogne Franche-Comté. Beaune 2-3 Octobre 2009.

DALPHIN JC et REBOUX G. Actualités diagnostiques des Pneumopathies d'hypersensibilité. Conférence Maladies Pulmonaires rares Adultes. Besançon. 12 Novembre 2009.

REBOUX G. Apport de la biologie au diagnostic des pneumopathies d'hypersensibilité. 14e congrès de Pneumologie de Langue Française. Marseille 29 Janvier -1 Février 2010.

REBOUX G. Facteurs favorisant la colonisation fongique des logements. 2éme Journées du RAFT. Malbuisson 25-26 Juin 2010.

REBOUX G. Apport des précipitines dans le diagnostic des pneumopathies d'hypersensibilité. Formation Médicale Continue (Pneumologie). Paris. 22 Octobre 2010.

REBOUX G. Habitat et Santé. ANAFORCAL Paris Sud. Orly 8 mars 2011

REBOUX G. Machine Operator's Lung : repercussion of a rare hypersensitivity pneumonitis metalworking fluids related. 4th UIEL symposium Barcelonna 15-16 Sept 2011.

REBOUX G, BELLANGER AP, DALPHIN JC. Contre : les composés organiques volatils d'origine fongique ont un impact sur la santé. Congrès français d'Allergologie. Paris 22 avril 2011.

REBOUX G. Moisissures et habitat. Cercle de pneumo-allergologie de langue française. Bruxelles 8 Octobre 2011.

REBOUX G Moisissures et environnement intérieur. Congrès français d'Allergologie. Paris 25 avril 2012.

REBOUX G, ROCCHI S, SCHERER E. Influence de l'environnement biologique domestique des premières semaines de vie sur le risque allergique et le développement physique et cognitif de l'enfant. Etude nichée EBRA (Environnement Biologique et Risque Allergique) de la cohorte ELFE (Etude Longitudinale Française depuis l'Enfance). ANSES Paris 16.04.2013

REBOUX G, Rouzet A. Pneumopathies d'hypersensibilité d'origines microbiennes et maladies du poumon d'éleveur d'oiseaux : co-expositions, communautés antigéniques, limites et spécificités du diagnostic sérologique. Hôpital Erasme Bruxelles 19 (Labo de Parasitologie) et 20 Février (Pneumologie) 2014.

REBOUX G, NAEGELE A, ROUSSEL S, MILLON L. L'acarien transporteur d'antigènes. Congrès Français d'allergologie 21.04.2015 Paris

REBOUX G, ROCCHI S, SCHERER E, ROUSSEL S, MILLON L. Disparités régionales de la composition microbiologique des logements et risque allergique. Rencontres Scientifiques de l'Anses. Paris 19.05.2015

REBOUX G 4éme Journée des Fibroses Pulmonaires Idiopathiques. Diagnostique biologique des Pneumopathie d'Hypersensibilité. 19.06.2015 Paris.

Institutions internationales :

Membre du groupe international de surveillance des moisissures intérieures. ICIF (International Conference on Indoor Fungi, coordonné par le Dr R. Samson, Utrecht, Pays-Bas).

Expert au groupe de travail de l'ANSES "moisissures dans le bâti" (2014-2015).

Contrats :

GRANT FUNDING

GRANT FUNDING • 2011-2013, PHRC étude BALISTIC sur la BPCO en milieu rural : dépistage, caractérisation et constitution d'une cohorte [JC Dalphin, Besançon] (334 615€) Co-applicant • 2011-2013. FungiCOPD sur la circulation des pathogènes fongiques dans l'environnement domestique : impact clinique de l'exposition aux moisissures à Pneumocystis jirovecii sur les patients atteints de BPCO [Responsable : L. Delhaes, Lille](190 090€). Co-applicant • 2012-2013 ANSES/ADEME étude ICODE sur l'impact des composteurs domestiques sur l'environnement intérieur [Responsable : S. Roussel, Besançon] (50 000€). Co-applicant • 2012-2013 ANSES/ADEME étude AirFusTox sur l'impact de l'environnement des moissonneurs et des minotiers sur leur santé [Responsable : H. Hirzel, Besançon] (12 500€). Co-applicant • 2011-2013, Health regional Agency of Franche-Comté (ARS) « Ficqs hématology » Study on the risk of fungal invasive infections of haematology patients during their return at home. [L. Millon ; Besançon] (57 000€) Co-applicant • 2011, Environment and Energy Agency (ADEME) « ADN-Dust » Microbiology study on 120 housing dust [D. Caillaud ; Clermont-Ferrand] (40 000€) Co-applicant • 2011-2012, National Sanitary Security Agency (ANSES) « EBRA-ELFE » Nested microbiology Study on 5 000 dwellings issued from new born recruited by ELFE study group (Etude Longitudinale Française depuis l'Enfance) [G. Reboux ; Besançon] (156 700€ ANSES, 12000€ University Hospital of Besançon et 95 000€ Franche-Comté Region). Main applicant • 2009-2011, National Hospital Research Program (PHRC) « SOPHIA » Study on agricultural or industrial hypersensitivity pneumonitis : physiopathology and serological diagnosis by recombinants antigens [L. Millon ; Besançon] (262 000€) Co-applicant. • 2007-2009, Agriculture Social Insurance (MSA) study on some agricultural practice and farmer's lung in Tarn, Aveyron and Lot area. [N. Hakim ; Rodez] (7000 €) Main applicant. • 2009, Swiss Work and Health Institut (IST) « probiotiques » Study on respiratory risks linked with probiotics production. [F. Opplinger ; Lausanne] (13 500 €) Co-applicant. • 2008-2010, étude PNRCC (Programme National de Recherche sur la Connaissance et la Conservation des Matériaux du Patrimoine Culturel), study on quantification of mycotoxins on book papers and fungi contamination of 10 archives [M. Rakotonirainy, Paris] (76 000€) Co-applicant • Septembre 2008-2010, study “AFSSET EST-08-27”, study on quantification of mycotoxins on moister wall papers and in vitro mycotoxicologics effect on respiratoiry cells [S. Bretagne ; Paris] (211 000€) Co-applicant • 2007-2008, Study « STEFI » (Santé au Travail & Exposition aux Fluides de coupe Industriel) on risk assesment of metalworking fluids in metallurgy industry, CHU de Besançon & CNAM Bourgogne Franche-Comté Program [I. Thaon ; Besançon] (35 000€) Co-applicant • 2005-2008, Studies on recombinant antigens for serological test for HP diagnosis « PHS-ICAD »&« ODIPHAAR » program. Funds from National Research Agency (ANR) and (DRIRE) (2005-2008) [L. Millon ; Besançon] (237 000 €) Co-applicant • 2002-2008, European studies on allergy :« PASTURE microbio » (Protection against Allergy : Study in Rural Environments ; microbiology additionnal project) &« GABRIEL » (guardian angel of asthma research) [E. von Mutius ; Munich] (108 000€) Co-applicant • 2006, Pilot study « ELFE » on the evaluation of electrostatic dust fall collector [G. Reboux ; Besançon] (3000 €) Main applicant • 2005-2007, study « Habitat et moisissures » on molds in housing in Franche-Comté. Funds from Ministry of Health [G. Reboux ; Besançon] (56 000 €) Main applicant • 2002, study with the Finnish Institute of Occupational Health , on the influence of the agricultural techniques on the development of the microbial flora on hays. [M Reiman ; Kuopio, Finlande] (4500 €) Main applicant

Actrivités d'enseignement :

Etablissement : Faculté de Médecine et de Pharmacie ; Ecoles paramédicales du CHU, Besançon

Discipline : Mycologie et immunologie

TEACHING Specialized Studies in Mycology for medical biologist : 1989, 1992, 1995, on 1998, 2001, 2004 Since 2000, for University of Nancy, Strasbourg, Lille, Dijon, Besançon, Bordeaux and Marseille : Diploma of "respiratory diseases", “Hygiene” Master's degrees, Certificate of Physiopathology of contagious diseases and immunology , " Occupational medicine " Master's degrees. Paramedical schools (Besançon)

TRANSFERT OF KNOWLEDGE 39 Students : PhD 5 ; Med & Pharm thesis 5 ; Sciences Master 12 ; Sciences License 9 ; other professional diploms10

REVIEWING FOR THE FOLLOWING JOURNALS or INSTITUTS Journal Mycologie Médicale, Revue des Maladies Respiratoires, Annals of Occupational Hygiene, BMC Public Health, Med Mycol, Applied Env Microbiol, Arch Ind Hyg Toxicol J Env Monitor Mycopathologia, J Env Microbiol, Indoor Air, Bulletin de l'Anses, Am J Resp Crit Care Mad Reviewer for research projects evaluation (Ligue nationale contre le cancer, Fond National suisse)

CONFERENCE ATTENDED American Thoracic Society (ATS) : San Francisco (USA) 2001, Toronto (Canada) 2008, New Orleans (USA) 2010, Denver (USA) 2011, San Diego (2014) European Confederation of Medical Mycology (ECMM) : Dresden (Germany) 1999, Amsterdam (Nederland) 2003, Berlin (Germany) 2005, TIMM : Athens (Greece) 2009, Lisbonne (Portugal) 2015 European Respiratory Society : Vienna (Austria)2013 International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM) : Paris 2006 French Medical mycology Association (SFMM) : Besançon 1980, Lausanne 1984, Paris 1985, Paris 1986, Brugge 1987, Paris 1987, Paris 1988, Rouen 1989, Paris 1989, Limoges 1990, Paris 1990, Tours 1991, Paris 1991, Brest 1992, Paris 1992, Grenoble 1993, Paris 1993, 1994 Toulouse, 1994 Paris, 1995 Angers,1995 Paris, 1996 Montpellier, 1996 Paris, 1997 Arcachon, 1997 Paris, 1998 Rennes, 1998 Paris, 1999 Strasbourg, 1999 Paris, Cayenne 2000, Amiens 2001, Paris 2001,Lyon 2002, Paris 2002, Marseille 2003, Paris 2003, Montpellier 2004, Besançon 2005, Paris 2005, Paris 2006, Nancy 2007, Paris 2007, Paris 2008, Poitiers 2009, Paris 2009, Fort de France 2010, Paris 2011, Rennes 2012, Paris 2013, Paris 2014, Bordeaux 2015 Association of Pneumology in French Language (SPLF) : Paris 1999, Paris 1990, Lyon 2007, Lille 2008 French Association of Allergology and clinical immunology (SFAIC) : Besançon 2001 French Allergology Congress (CFA) : Paris 2006, Paris 2009, Marseille 2010, Paris 2011, Paris 2012, Paris 2015 French Hospital Hygiene : Nancy 1991, Paris 2000 International Conference on Indoor Fungi (ICIF) : Utrecht (Nederland) 2005 Other congress : Mycology Network : Toulouse 1985, Biocontact : Lille 1986, Pfizer Symposium : Paris 1988, Besançon 1990, Colloques transfrontaliers : Arc et Senans 1993, Lausanne 1994, Dijon 1996, International Biology days (JIB) : Paris 1997, Medica : Düsseldorf 1998 (Germany), Fungi Infection Network : Paris 1998, Paris 2001 Institut Pasteur de Paris conference on Haematology and fungi risks : Paris 2000, Proeuhealth symposium : Saariselkä (Finland) 2002, Interdisciplinary Fungi Infections day (JIDIF) : Paris 2003, Paris 2004, French and Swiss health and work symposium : Besançon 2007

Effets de molécules pharmaceutiques sur des populations d'épinoche (Gasterosteus aculeatus) en mésocosme : analyse statistique basée sur la modélisation

Contexte général

La France est le pays d'Europe qui consomme le plus de médicaments et les volumes consommés augmentent d'environ 0,5% par an. Le rejet des médicaments et de leurs métabolistes par les excréments et l'urine est une source importante de contamination pour les écosystèmes aquatiques. Ainsi, l'évaluation du risque écotoxicologique des molécules pharmaceutiques est un enjeu majeur, l'objectif finaliséétant de fournir des outils d'aide à la gestion de ces écosystèmes sous pression anthropique.
Le rôle important que joue le poisson dans la structuration et le fonctionnement des réseaux trophiques aquatiques conduit à le considérer comme un des indicateurs de l'état de santé des écosystèmes aquatiques. Chez le poisson, les études des effets des polluants chimiques aux niveaux biologiques d'organisations supérieures (comme les effets sur la dynamique de population) sont plus pertinentes d'un point de vue écologique pour l'évaluation du risque écotoxicologique. Les écosystèmes expérimentaux (mésocosmes) offrent la possibilité d'étudier les effets des substances à différentes échelles d'organisation biologique (individu, population, communauté, écosystème) avec un certain réalisme écologique tout en pouvant contrôler un certain nombre de paramètres. Ainsi, ces systèmes expérimentaux offrent la possibilité d'étudier les effets des rejets de médicaments sur la dynamique de population de l'épinoche à trois épines (Gasterosteus aculeatus).
Les écosystèmes artificiels sont des systèmes expérimentaux lourds. A l'INERIS, nous disposons de douze rivières, ce qui situe nos mésocosmes dans la moyenne des mésocosmes existant à travers le monde. Ce faible nombre de réplicas, cumuléà la variabilité inhérente d'une étude de populations sur le terrain induit une faible puissance statistique de l'analyse des données produites. Ainsi, la probabilité de conclure à l'absence de différences significatives entre les traitements est élevée, même en cas d'effet substantiel. Une solution pour améliorer l'analyse des données consiste à utiliser un modèle mathématique de dynamique de population capable de prédire les observations en l'absence de contamination.

Objectifs
L'objectif de ce stage sera donc de comparer la dynamique de la population de l'épinoche en mésocosme en situation témoin et contaminée par une molécule pharmaceutique pour mettre en évidence les effets potentiels de ce polluant. Les données étant acquises, il s'agira d'utiliser un modèle de dynamique de population de l'épinoche capable de prédire les observations en l'absence de contamination, pour analyser les effets de la substance pharmaceutique.

Profil recherché
Master 2. Bonnes connaissances en modélisation/statistique et/ou écotoxicologie.

Organisation
Durée du stage : 6 mois
Le (la) stagiaire sera accueilli(e) au sein de l'unité METO (Modèles pour l'Ecotoxicologie et la Toxicologie) de l'INERIS (Verneuil-en-Halatte, à 60 km de Paris Nord). Pour le trajet, des navettes gratuites entre la gare de Creil et l'INERIS sont mises en place matin et soir.
L'indemnité de stage sera d'environ 500 €/mois. Participation au frais de logement/ou d'indemnisation des transports sous conditions.

Contact
Rémy Beaudouin
INERIS
Unité METO
Parc Alata, BP2
60550 Verneuil en Halatte
Tél. : 03 44 61 82 38
e-mail : Remy.beaudouin chez ineris.fr

Une équipe pluridisciplinaire de Chrono-environnemnent -écologues, écotoxicologues et spécialistes des datations radiocarbone- a récemment carotté de la crotte de chauves-souris (le guano) sédimentée au fil du temps dans un grenier de la Saline royale d'Arc-et-Senans. Son but : découvrir l'histoire de la colonie, sa diversité génétique, son régime alimentaire mais aussi les contaminations chimiques et les éventuels pathogènes qui les affectent. Un ensemble d'indices qui permettra de comprendre le déclin drastique des populations de chiroptères dans la seconde moitié du 20e siècle.

Le premier site àêtre échantillonné est le gîte de maternité de grands rhinolophes et de murins à oreilles échancrées d'Arc-et-Senans. Situé dans les combles d'un bâtiment de la Saline Royale, il abrite chaque année plus de 900 individus.

Eve Afonso, Michaël Cœurdassier, Christophe Mavon, Damien Rius, et Renaud Scheifler, de Chrono-environnement, étaient accompagnés par Florent Billard et Carole Pustala, de la Commission de Protection des Eaux, du Patrimoine, de l'Environnement, des Sous-sols et des Chiroptères (CPEPESC). Deux jours de travail ont permis de prélever des échantillons et de déblayer plus d'une tonne de guano !

Ce travail sera répété courant 2016 dans une trentaine de gîtes du même type, fréquentés par différentes espèces de chiroptères.

Ecoutez l'interview d'Eve Afonso sur l'Actu de L'UFC
On en parle dans l'Est Républicain et dans Ouest France.

Laboratoire Chrono-environnement UMR CNRS 6249
UFR Sciences et Techniques- La Bouloie
Université de Franche-Comté - 25030 Besançon Cedex
tél. : (33) 03.81.66.64.82
fax : (33) 03.81.66.64.75
christophe.ramseyer chez univ-fcomte.fr

Positions
• 2003-2015 : Professor at Université de Franche-Comté (France)
• 1994-2002 : Assistant Professor

Diploms
• Habilitation, 1998
• European PhD Thesis, 1994

Honor
• Gratification for phd management since 1998
• Prize A. Cotton from the french physical society in 2001
In 2001, I was awarded by the French physical society, as the best young physicist in molecular physics for my work concerning molecular interactions and nanostructure growth on surfaces.

Teaching activities
• Solid state physics
• Physics of materials
• Nanosciences
• Thermodynamics and statistical physics
• Numerical simulations in chemistry
• Surface science

Research activities
Publications in international journals with referee board : 105
Invited conférences : 40 between 2002-2015
Seminars or workshops : more than 100
International collaborations : several (Germany, Austria, Poland, Italy, Switzerland, Ukraine, Thailand, Tunisia, Djibouti, Brazil, ...)
National collaborations : several
Keywords : Nanosciences, Drug delivery, New cancer therapies

My expertise is on biophysics and solid state physics mostly. The main purposes of my research concern the study of the structure and dynamics of macromolecules (membranes, proteins, nanoparticles) at the atomic scale using in silico approach. Actually, we have 3 major goals which are respectively :

1 : to build more realistic models for cell membranes :
2 : to have a better understanding of deseases and drug interactions at molecular level
3 : to create new devices inspired by living systems

My present and past work (even if one work cannot be closed forever...) can be separated like :

work1 : Realistic models of plasma membranes with curved shapes and assymetric lipid compositions
work2 : Peptide interactions with assymetric and curved membranes
work3 : all-atom LDL models for MD
work4 : Interaction of squalene based drugs with LDL
work5 : Interaction of platinum and gold complex with biological systems
work6 : Interaction of carbon nanoparticles with membranes
work7 : bioinspired systems (sensors, filters and traps)
work8 : Self-organized growth of nanowires and islands on metallic surfaces
work9 : Adsorption properties of molecular species on surfaces

Major recent publications [1-5]

1. Balme S, Picaud F, Kraszewski S, Dejardin P, Janot JM, Lepoitevin M, Capomanes J, Ramseyer C, Henn F. Controlling potassium selectivity and proton blocking in a hybrid biological/solid-state polymer nanoporous membrane.Nanoscale. 2013. 7 ;5(9):3961-8.
2. Kraszewski S, Bianco A, Tarek M, Ramseyer C. Insertion of short amino-functionalized single-walled carbon nanotubes into phospholipid bilayer occurs by passive diffusion. PLoS One. 2012 ;7(7):e40703.
3. Balme, S., et al., New Bioinspired Membrane Made of a Biological Ion Channel Confined into the Cylindrical Nanopore of a Solid-State Polymer. Nano Letters, 2011. 11(2) : p. 712-716.
4. Kraszewski, S., M. Tarek, and C. Ramseyer, Uptake and Translocation Mechanisms of Cationic Amino Derivatives Functionalized on Pristine C-60 by Lipid Membranes : A Molecular Dynamics Simulation Study.Acs Nano, 2011. 5(11) : p. 8571-8578.
5. Barucha-Kraszewska, J., et al., Numerical studies of the membrane fluorescent dyes dynamics in ground and excited states.Biochimica Et Biophysica Acta-Biomembranes, 2010. 1798(9) : p. 1724-1734.

PHD or research stages under my supervision : more than 20

Work1 : Realistic models of plama membranes with curved shapes and assymetric lipid compositions

Molecular Dynamics (MD) simulations are now the method of choice in the studies of interactions of various compounds with lipid membranes at the atomistic level. MD provides unique information about structure and dynamics of various membrane components with atomic details at the time scales from hundreds of nanoseconds to microseconds. The methodology of membrane simulations is now mature and well-established as well as empirical parameters used to describe the major membrane components – lipids, cholesterol, water and integral membrane proteins or peptides. MD simulations provide the most detailed atomistic picture of the membrane structure and dynamics and allow interpreting experimental data with much better temporal and spatial resolution.
However, the models of membranes, which are used in MD studies, are usually too simplified in comparison with real cell membranes. Particularly the membranes in MD are usually flat and both membrane leaflets has the same lipid composition1, while real membranes are always asymmetric and usually curved (Figures 1,2).
Indeed, real cell membranes are rarely planar. Different parts of the membrane form invaginations and protrusions of various sizes. It is well established that the membrane curvature plays an important role in membrane fusion, endocytosis, functioning of the sensoric cells, separation of various membrane components, etc.
In addition to the curvature, eucariotic cell membranes are also highly asymmetric. In plasma membranes, phosphatidylcholine and sphyngomielin lipids are located predominantly in the outer leaflet, while most of phosphatidylethanolamine, phophatidylserine and phosphoinositides are located in the inner leaflet. The membranes of other organelles, such as endoplasmic reticulum, are also asymmetric. An asymmetric distribution of the lipids is often distorted in the malignant cells and disappears during apoptosis.
Thus, there is no doubt that membrane asymmetry has to be taken into account in any computational study, which concerns membrane permeability for the drugs.
In our team, we are developping innovative models of membranes, which are as close to real membranes as possible. The asymmetric composition of the membrane leaflets is based on the best available experimental data. The bending of the membrane is also taken into account by simulating a set of membranes with different curvature (from flat to highly curved).

We did some pioneering work in MD simulations of the asymmetric lipid membranes with large spontaneous curvature during a previous collaboration with S. Yesylevskyy (Kiev, Ukrain). We did some specific software for determining local mean and Gaussian membrane curvature. New method of forced membrane bending with predefined curvature are actually under construction.

People involved in this work :
T. Rivel (PhD student) and C. Ramseyer.

Related collaborations :
S. Yesylevvsky, Department of Physics of Biological Systems, Institute of Physics, Kiev (Ukraine).

Related publications :
Cherniavskyi, Y. et al., Interaction of C60 fullerenes with asymmetric and curved lipid membranes : the molecular dynamics study. Physical Chemistry Chemical Physics (accepted 2015)
Yesylevskyy, S. O. et al., Determination of mean and Gaussian curvatures of highly curved asymmetric lipid bilayers : the case study of the influence of cholesterol on the membrane shape. Physical Chemistry Chemical Physics (2015)
Yesylevskyy, S. O. et al., Determination of the shape and curvature of nonplanar lipid bilayers that are bent in a single plane in molecular dynamics simulations. Journal of Molecular Modeling (2014) 20(4).
Yesylevskyy, S.O., et al., Cholesterol Induces Uneven Curvature of Asymmetric Lipid Bilayers. Scientific World Journal, 2013.

work2 : Peptide interaction with assymetric and curved membranes

Description : MP1 is a pore forming peptide, which is known for its pronounced anticancer activity. It binds selectively to cancer cells, which possess anomalous exposition of anionic lipids on the outer leaflet of their plasma membrane and causes formation of pores in their membranes. An exact mechanism of the MP1 activity is currently unknown and it has a huge applied value for biomedical applications. In this work, we propose a series of large-scale MD simulations of the MP1 interactions with realistic models of cells membranes. The main feature of our approach is the use of asymmetric lipid composition in the membrane leaflets, which mimics either normal or malignant cells. The membrane curvature, which originates from the lipid asymmetry would also be taken into account. In our previous works (see work1 section), the methodology of such simulations and the corresponding analysis software was established.

The goals of the present study are the following :

To establish the molecular mechanisms of binding of MP1 to the plasma membrane.
To establish the role of the exposition of the anionic lipids to the binding of MP1.
To study different mechanisms of pore formation by MP1.
To study the influence of the membrane curvature on the pore formation. Performing of these goals requires large number of computational resources for actual MD simulations and subsequent data analysis.

People involved in this work :
T. Rivel (PhD student) and C. Ramseyer.

Related collaborations :
Dr. S. Yesylevvsky, Department of Physics of Biological Systems, Institute of Physics, Kiev (Ukraine).
Pr. João Ruggiero Neto,São Paulo State University, São Paulo (Brazil).

Related publications :
results not published yet

Work3 : all-atom LDL models for MD

The low-density lipoproteins (LDL) are complex spherical aggregates of various lipids and sterols approximately 22 nm in diameter, which are abundant in the human blood. LDL particles are the main blood carriers of lipids, cholesterol and other hydrophobic compounds. Due to its size and complexity, there are very few dedicated computational studies of these objects. The composition of LDL particles is well known and, in principle, they are straightforward to simulate. However, full-size LDL particles were only simulated in the coarse-grained representation by Marrink's group. For all atom description, there is a major complication since LDL particle is too large for all-atom MD.

We decided to simplify the system to make computationally tractable but still close enough to real LDL :
We do not consider apoB protein.
Instead of the whole spherical LDL particle, we study the column-like slice of the particle with periodic boundary conditions.

This allows us to reduce the size of the system dramatically while keeping all major features of the LDL lipid droplet. Particularly, the surface area per lipid is within 10% of experimental. The packing of the lipid tails in the center of LDL is radial (like in micelles) while in our system it is like in lipid bilayers thus we expect some systematic errors in the central regions.
Such system is a reasonable compromise which allows simulating LDLs in all-atom molecular dynamics simulations. Just above is shown a picture of our equilibrated all-atom model. People involved in this work :
T. Rivel (PhD student) and C. Ramseyer.

Related collaborations :
Dr. S. Yesylevvsky, Department of Physics of Biological Systems, Institute of Physics, Kiev (Ukraine).
Prof. P. Couvreur, Institut Galien, Chatenay-Malabry (France).

Related publications :
results not published yet

Work4 : Interaction of squalene based drugs with LDL

Squalene is a natural lipid precursor, which plays a crucial role in the biosynthesis of sterols in the cells. Squalene is 100% biocompatible and not toxic since it is the natural precursor of the cholesterol biosynthesis. It is able to strongly interact with large variety of cells. This makes it very promising for creating highly efficient drugs and drug delivery systems (conjugation of squalenic acid with a variety of drugs). Currently, anticancer (gemcitabine, doxorubicin), antiviral (dideoxycytidine) and neuroprotective (adenosine) drugs were used in this technology with great success.

The mechanism of action of squalene-based drugs is complex. It includes self-organized formation of nanoparticles, their transport in the blood stream and interaction with blood components, incorporation of the molecules into plasma membranes, release from cell membranes into the cytoplasm, redistribution across the intracellular membranes of different cell organelles, cleavage of the conjugate and release of the active drug and finally degradation and elimination from the cell.

In this work, we focus on the transport of squalene-based drugs in the blood and more precisely with LDL (see work3 section), which are the main blood carriers of lipids, cholesterol and other hydrophobic compounds. Understanding the mechanisms of interaction of squalene-based drugs with LDL particles is crucial for its medical applications and for design of new medical forms of squalene-based compounds.

For instance, we have added single molecule of GemSq to the equilibrated LDL system and monitored its spontaneous binding. GemSq binds to the heads of POPC very quickly (in 10-20 ns). The Gem binds first and then the squalene tail flips inside the LDL particle. The GemSq molecule intercalates between POPC and lysoPC lipids and remains stable in this configuration for the rest of simulation.

Our perspectives are now to :
build more realistic model of the LDL.
to perform calculations with AdSq and DoxSq.

People involved in this work :
T. Rivel (PhD student) and C. Ramseyer.

Related collaborations :
Dr. S. Yesylevvsky, Department of Physics of Biological Systems, Institute of Physics, Kiev (Ukraine).
Prof. P. Couvreur, Institut Galien, Chatenay-Malabry (France).

Related publications :
results not published yet

Work5 : Interaction of platinum and gold complexes with biological systems

Interaction of platinum and gold complex with biological systems

People involved in this work :
T. Rivel (PhD student) and C. Ramseyer.

Related collaborations :
Dr. S. Yesylevvsky, Department of Physics of Biological Systems, Institute of Physics, Kiev (Ukraine).
Prof. P. Couvreur, Institut Galien, Chatenay-Malabry (France).

Related publications :
results not published yet

Typhaine Guillemot a le plaisir de vous inviter à la soutenance de sa thèse intitulée, "Réponses sédimentaires et moléculaires des remplissages lacustres groenlandais aux changements climatiques holocènes et à l'évolution des pratiques agropastorales". Elle aura lieu le vendredi 4 décembre à 14h, dans l'amphithéâtre Jacquemain (Bâtiment propédeutique) sur le campus de la Bouloie, UFR Sciences et Techniques, 16 route de Gray, à Besançon.

Invitation et plan à télécharger ici

Résumé

Dans le cadre du changement climatique global, mieux comprendre les interactions Hommes/Environnement/Climat au sud-ouest du Groenland est aujourd'hui un enjeu majeur pour développer des stratégies d'adaptation tout en préservant au mieux les écosystèmes. Pour cela, une approche rétrospective a été réalisée sur trois séquences lacustres retraçant l'histoire paléo-environnementale sur les 5000 derniers millénaires.
Le lac d'Igaliku (N61°00'22'', O45°26'28''), situéà 2 km de la capitale épiscopale médiévale au coeur de la région agricole groenlandaise, a une sédimentation principalement influencée par les activités anthropiques. Un inventaire moléculaire complet a été réalisé sur cette séquence pour caractériser les dynamiques agropastorales passées et leurs impacts sur les écosystèmes. Les biomarqueurs fécaux identifiés ont notamment permis de mettre en évidence deux phases agropastorales majeures (la période d'occupation viking et la période récente) séparées par le Petit Âge Glaciaire (PAG) et caractérisées par un élevage prédominant d'ovins. Les biomarqueurs moléculaires de végétation (n-alcanes, acétates de triterpényles) couplés à des données palynologiques montrent une réduction du couvert arbustif au cours de ces deux phases. Par ailleurs, les biomarqueurs d'érosion des sols (TTHCs), couplés aux données sédimentaires, indiquent une érosion drastique autour des années 1980 lors de la création de parcelles de fourrage par labour mécanisé. De même, ce n'est que sur le dernier siècle qu'une altération de l'état trophique du lac d'Igaliku associée à des pratiques de fertilisation des parcelles de fourrage sont observées avec une augmentation des chaines courtes d'n-alcanes et plus particulièrement des diatomées mésotrophes.
Les lacs de Qallimiut (N60°43'27'', O45°23'12'') et de Little Kangerluluup (N60°38'32'', O45°38'11''), situés en contexte faiblement anthropisé, sont alimentés par des tributaires à forte variabilité hydrologique. Ils correspondent à des systèmes sédimentaires dominés par des apports clastiques sous contrôle climatique dominant. Afin d'améliorer la résolution spatiale et temporelle des changements climatiques holocènes dans cette région, une étude sédimentaire multi-paramètre a été réalisée sur ces deux sites. Des analyses pétrophysiques, granulométriques, minéralogiques et géochimiques ont mis en évidence des niveaux de crues fréquents au cours des épisodes froids et humides comme la transition Milieu/Fin de l'Holocène (ca. 2500 BC), la transition Sub-boréal/Sub-atlantique (ca. 700 BC) et le PAG (entre ca. 1300 AD et ca. 1900 AD), synchrones à des périodes de minimas solaires. Ces épisodes de détériorations climatiques ont particulièrement influencé les sociétés humaines successives installées dès ca. 2500 BC au Groenland. Un maximum de fréquence de crues et une baisse drastique des températures sont notamment enregistrés pendant le PAG, indiquant qu'il s'agit de l'épisode le plus froid enregistré au sud du Groenland au cours de la seconde moitié de l'Holocène, responsable en grande partie de l'abandon de ces terres par les agriculteurs vikings au milieu du XVe siècle.

Abstract

In the current context of global change, understanding the interactions between Human/Environment/Climate is necessary to develop adaptive strategies and preserve ecosystems. A retrospective approach is therefore realized in three lacustrine cores to reconstruct the paleo-environmental history during the last five millennia.
Lake Igaliku (N61°00'22'', W45°26'28''), located at 2km from the medieval episcopal cathedral in the historical farming center, has a sedimentation mainly driven by anthropogenic activities. A complete molecular inventory has been made on this sequence to characterize past agropastoral dynamics and their impacts on south Greenlandic ecosystems. The identified fecal biomarkers revealed two agropastoral phases, during the Norse settlement and recently, separated by the Little Ice Age (LIA) and mainly characterized by sheep breeding. Vegetation molecular biomarkers (n-alkanes, triterpenyl acetates) and palynological data showed a reduction of trees and shrubs cover during these two periods especially. Erosion biomarkers (TTHCs) and sedimentological data identified only one drastic erosion since the 1980s synchronous with the mechanized creation of fodder parcels. Moreover, an eutrophication of the lake waters was recorded with short chain length n-alkanes and mesotrophic diatoms.
Lake Qallimiut (N60°43'27'', W45°23'12'') and Little Kangerluluup (N60°38'32'', W45°38'11''), less impacted by anthropogenic activities, are fed by major streams influenced by hydrological variations. Their sedimentation is therefore mainly driven by climate changes. To improve the temporal and spatial resolution of climate changes during the Holocene, a multi-proxy sedimentological study was made on these two sites. Petrophysical, mineralogical and geochemical analyses have identified flood events especially occurring during cooler and wetter periods such as the Middle to Late Holocene transition (ca. 2500 BC), the Sub-boreal/Sub-atlantic transition (ca. 700 BC) and the LIA (between ca. AD 1300 et ca. AD 1900). These climate pejorations have impacted local human societies. For example, during the LIA, a maximum of flood events and drop of temperatures are recorded, partly responsible of the Norse demise.

Composition du jury :

Pierre Francus, Professeur des Universités, INRS de Québec, Rapporteur
Christian Di-Giovanni, Professeur des Universités, Université d'Orléans, Rapporteur
Martine Régert, Directrice de recherche CNRS, CEPAM UMR 7264, Université de Nice, Examinatrice
Dominique Marguerie, Directeur de recherche CNRS, CReAAH UMR 6566, Université de Rennes, Examinateur
Hervé Richard, Directeur de recherche CNRS, Chrono-environnement UMR 6249, Directeur
Vincent Bichet, Maître de conférences, Université de Franche-Comté, Co-Directeur

La journée archéologique, organisée par le Service régional de l'archéologie (DRAC de Franche-Comté), en partenariat cette année avec le laboratoire Chrono-environnement, se tiendra le samedi 28 novembre 2015, à Besançon, 16 route de Gray, à l'UFR ST, bâtiment propédeutique, amphithéâtre Croisot. Lieu d'échanges et d'informations, elle est l'occasion de porter un regard sur les opérations archéologiques qui ont marqué récemment la recherche régionale.
L'accent sera principalement mis cette année sur les travaux menés au sein du Laboratoire Chrono-environnement, dont les recherches sont centrées sur la longue durée des interactions entre l'homme et son environnement.

Ce sont les données croisées entre archéologie programmée et préventive, histoire et études du paléoenvironnement et du paléo-climat qui seront présentées tout au long de la Journée, de la Préhistoire à l'époque médiévale.

Programme à téléchargerICI

Cette journée est gratuite sur INSCRIPTION et s'adresse à tous les chercheurs – professionnels, bénévoles, étudiants – et aux partenaires en lien avec la communauté archéologique.

Bulletin, en dernière page du programme, à retourner impérativement avant le 5 novembre 2015

Alexandre Naegelea le plaisir de vous inviter à la soutenance de sa thèse intitulée, "Impact des acariens et des micro-organismes de l'habitat dans le développement de l'asthme et de la Broncho-Pneumopathie Chronique Obstructive (BPCO)". Elle aura lieu le vendredi 4 décembre à 14h dans l'amphithéâtre E019 (Bâtiment enseignement) aux Hauts du Chazal, UFR Sciences Médicales et Pharmaceutiques, 19 rue Ambroise Paréà Besançon.

Invitation

Résumé

Notre mode de vie et la volonté d'économiser l'énergie nous pousse à vivre dans un environnement toujours plus confiné. Ces changements apportent les conditions idéales au développement des acariens et des micro-organismes, dont les effets sur la santé sont de plus en plus présents.
L'objectif de la thèse est de caractériser la contamination en acariens et en micro-organismes des logements de patients présentant des pathologies allergiques ou inflammatoires, d'évaluer l'influence des interactions entre les différentes communautés organiques sur l'exposition aux allergènes et de comprendre quels sont les facteurs qui accroissent la pollution biologique de l'air intérieur.
Afin de disposer d'un outil commun de détection et de quantification des acariens et des micro-organismes nécessaire à l'évaluation de l'exposition, un nouveau modèle innovant de quantification des acariens domestique par qPCR a été mis au point et valider sur les poussières des logements de patients allergiques.
Les qPCR développées ont permis de quantifier de manière sensible et spécifique les acariens. Leur présence de la chambre à la cuisine a montré que les mesures d'éviction doivent être appliquées à l'ensemble de l'habitat alors que, le plus souvent, seule la chambre du patient reçoit un traitement anti-acariens. La présence des acariens de stockage est sous-estimée dans les logements des patients allergiques et nécessiterait d'être pris en compte dans l'évaluation de l'exposition et de la sensibilisation. L'observation des interactions acariens/moisissures, grâce à un dispositif in vitro, a été réalisée pour apporter de nouvelles connaissances sur les préférences alimentaires des acariens. Ces choix alimentaires ont des conséquences sur la colonisation des logements et sur notre exposition aux allergènes. Il existe une vraie relation symbiotique entre ces organismes : les moisissures sont dispersées par les acariens et leur apportent les nutriments essentiels. Pour la première fois, la contamination des logements de producteurs laitiers atteint de BPCO (Broncho-pneumopathie Chronique Obstructive) a été comparée à celle de producteurs laitiers sains, de patients BPCO sans activité liée à l'agriculture et de sujets ruraux sains non agriculteurs. L'exposition agricole s'est montrée abondante et spécifique à certains micro-organismes caractéristiques de la ferme traduisant un transport de l'étable vers le logement. La sensibilité IgG àWallemia sebi (un Basidiomycète) s'est révélée significativement spécifique des producteurs laitiers BPCO. L'impact du compostage domestique sur la qualité biologique de l'air a été mesuréà la fois dans l'espace et dans le temps. Il a été démontré que, malgré les interrogations des services publiques, seule une aire circonscrite au bio-seau a vu sa concentration en Acarus siro (un acarien de stockage) et certaines moisissures augmenter de façon significative pendant les 12 mois de surveillance.
Nous sommes tous exposés quotidiennement aux acariens et aux micro-organismes de l'environnement intérieur. L'approche consistant à prendre en compte plusieurs organismes et leurs interactions est aujourd'hui possible et semble plus adaptée et de nouveaux indicateurs communs aux acariens de la poussière domestique, aux acariens de stockage, aux moisissures, aux bactéries et aux allergènes de chat, de chien et de blatte devraient nous permettre de progresser désormais dans la détermination de la relation dose/effet des différents allergènes en prenant compte de possibles effets synergiques.
Mots clés : logements, acariens de la poussière domestique et de stockage, interaction acariens/moisissures, risque allergique et inflammatoire, qPCR, marqueurs d'exposition.

En 2015, la Compagnie Nationale des Experts de Justice a eu 20 ans. 20 ans, âge mythique, âge de tous les possibles, moment approprié pour des questions de fond. Les problématiques reliant la santé et l'environnement sont de plus en plus prégnantes ces dernières années. Il est clairement établi désormais qu'un certain nombre de questions de santé relèvent des conditions dégradées de notre environnement. Face à cette situation, les acteurs de la santé comme les acteurs de l'environnement s'interrogent sur les leviers d'actions possibles. Parmi ces professionnels, les experts de justice posent la question de quelle expertise pour quelle décision, puisque les notions de santé et d'environnement constituent toutes deux des ressources qui ne cessent d'interagir l'une sur l'autre, et quelle place les experts peuvent occuper aux côtés des acteurs de l'environnement et de la santé ?

L'expert, interrogé sur une possible corrélation entre l'exposition à un environnement dégradé et un état de santé détérioré, est confrontéà une situation avec de nombreux paramètres à prendre en compte.

Parmi tous ces paramètres, trois apparaissent comme majeurs :
1. Une cible est exposée à des « cocktails de polluants » et non à un unique polluant. Les effets combinés des différentes substances sont très mal connus et très mal appréhendés ;
2. Les effets sur la santé apparaissent souvent à long terme : il y a un décalage entre l'exposition au polluant et sa traduction sanitaire, traduction qui peut survenir à la génération suivante ;
3. Le modèle dose-effet n'est pas unique. Il existe de nombreuses situations qui ne sont pas suffisamment prises en compte. Outre la question de la co-exposition, ce n'est pas seulement la dose qui fait le poison mais aussi la durée d'exposition et le moment de l'exposition (grossesse, enfance...). De plus, il existe de réelles différences de sensibilité : un individu peut réagir plus fortement qu'un autre face à un même polluant.

Programme, etc.pdf

Samedi 28 novembre 2015, 10 h > 17 h.
Au marché des Beaux-Arts une rencontre avec le futur vous attend. La Ville de Besançon et ses partenaires invitent les citoyens à se questionner sur ce que sera l'environnement, l'alimentation en 2050, alors que le climat s'apparenterait à celui de la Toscane.
14h30 - Dédicace du livre Histoire du climat en Franche-Comté par les auteurs : V. Bichet, M. Magny, H. Richard, E. Garnier, P. Gresser, B. Vermot-Desroches. VIDEO de présentation
16h30 - Projection du film de Luc Jacquet, La glace et le ciel, qui retrace le parcours de Claude Lorius.

Des insectes à déguster, l'ONF à questionner, des caméras thermiques à essayer… La Ville de Besançon et ses partenaires, en collaboration avec les 22 commerçants du marché, invitent les citoyens à se questionner sur ce que sera l'environnement, l'alimentation en 2050, alors que le climat s'apparenterait à celui de la Toscane : des étés plus chauds et des hivers plus doux, mais aussi des précipitations plus denses et des épisodes de sècheresses répétés.
Quels seront les effets pour nous, dans notre quotidien, sur notre alimentation ? Que faisons-nous aujourd'hui pour anticiper la situation de demain ?
Ainsi, Besançon annonce, depuis son territoire, la tenue de la 21e conférence internationale sur le climat, la COP 21 qui se déroulera du 30 novembre au 11 décembre à Paris. Un nouvel accord international sur le climat, applicable à plus de 180 pays, y est attendu dans l'objectif de maintenir le réchauffement mondial en deçà de 2° C.

14 h 30 Dédicace du livre Histoire du climat en Franche- Comté par les auteurs, pendant la journée dans l'enceinte du marché Beaux-Arts. Ils seront également présents, au côté de Claude Lorius, pour animer le débat après le film (ci-dessous).
16 h Projection du film de Luc Jacquet, La glace et le ciel, qui retrace le parcours d'un glaciologue bisontin de renommée internationale, Claude Lorius.

10 h > 17 h
Les 22 commerçants du marché Beaux-Arts vous invitent à un marché insolite où ils aborderont avec vous des questions du futur. Au menu : dégustation d'insectes et discussion avec les associations, services et structures présentes pour comprendre ce que nous pouvons mettre en œuvre localement pour agir sur le réchauffement climatique.

Flyer Besançon 2050