Daniel Martak a le plaisir de vous convier à sa soutenance de thèse intitulée, Épidémiologie des bacilles à Gram négatif dans la communauté, l'environnement et la nourriture. Elle aura lieu le vendredi 18 juin 2021, à 14h, dans l'amphithéâtre E019 de la fac de médecine (UFR SMP) de Besançon.
En raison des restrictions sanitaires pour accéder à la salle, il est nécessaire au préalable de s'inscrire auprès de Daniel Martak.
La soutenance sera également proposée en visioconférence sur Teams.
Voici le lien de connexion : https://bit.ly/3zjTUQX
Composition du jury
Dr. Marisa Haenni, Anses, Lyon, Rapporteur
Dr. Christophe Merlin, Université de Lorraine, Rapporteur
Pr. Anne-Marie Rogues, Université de Bordeaux, Examinateur
Pr. Christophe Dagot, Université de Limoges, Examinateur
Pr. Didier Hocquet, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Directeur de thèse
Pr. Xavier Bertrand, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Directeur de thèse
Résumé
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa sont des bacilles à Gram négatif fréquemment responsables d'infections nosocomiales. Leur diffusion dans les systèmes de soins a été bien caractérisée mais le portage intestinal et les dynamiques de transmission de ces pathogènes dans la communauté sont mal connus. Le concept One Health supporte l'idée que les populations bactériennes trouvées chez les humains, les animaux et dans l'environnement sont interconnectées. Les entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (EBLSE), responsables d'infections associées à une forte morbi-mortalité, présentent un intérêt particulier car elles contaminent largement la nourriture, qui pourrait être ainsi une source d'EBLSE pour les consommateurs. Nous avons utilisé une approche de whole genome sequencing (WGS) sur une large collection d'isolats provenant de résidents d'établissements de long séjour, d'aliments et d'eaux usées de cinq villes européennes. Une première étude a montré qu'en général les populations d'EBLSE issues d'aliments et d'eaux usées sont dissociées et possèdent des gènes de résistance aux antibiotiques différents. Ceci suggère que l'alimentation n'est pas une source majeure d'EBLSE pour l'Homme. Une seconde étude a relevé que les résidents de centres de long séjour étaient très fréquemment (51,6%) porteurs digestifs de P. aeruginosa. Ce portage était associéà l'âge et à l'obésité et concernait une population de P. aeruginosa génétiquement très diverse. Globalement, nos données montrent que la compréhension complète de la diffusion des bacilles à Gram négatif et celle des gènes de résistance aux antibiotiques requiert l'examen des génomes bactériens complets.
Mots clés : E. coli, K. pneumoniae, BLSE, CTX-M, nourriture, environnement, P. aeruginosa, portage