Evolution de l'antibiorésistance dans des milieux aquatiques anthropisés
Description du sujet de thèse :
Le maintien de ressources en eau de qualité est un enjeu capital pour le développement des populations et des activités socio-économiques associées. Les différents milieux aquatiques pourvoient ainsi à de nombreux besoins : les eaux douces de surface (production d'eau potable, irrigation, hydroélectricité, industrie, tourisme…), les eaux souterraines (production d'eau potable, irrigation…) et aussi les eaux salées ou saumâtres (production, tourismes…) (rapport Acclima Terra, 2018). En Nouvelle Aquitaine, les ressources en eau sont largement distribuées sur le territoire mais toutes sont soumises à l'omniprésence de la présence humaine (habitations, zones d'exploitation…). En ce sens, de nombreuses ressources sont le réceptacle de rejets anthropiques et in extenso de la grande diversité des contaminants chimiques ou microbiens les composants.
Actuellement, l'émergence ou la réémergence de pathologies liées directement à la présence de polluants organiques est suivie avec de plus en plus d'attention. Les milieux aquatiques sont notamment ainsi regardés comme récepteur mais aussi comme source potentielle de maintien des phénomènes d'antibiorésistance au même titre que les contextes cliniques et vétérinaires. Dans des milieux naturels n'ayant aucun impact anthropogénique, des approches métagénomiques ont en effet montré la présence récurrente d'une grande diversité de gènes de résistance. Ainsi, l'environnement constituerait un vaste réservoir de déterminants génétiques indirectement ou directement impliqués dans la résistance aux composés antimicrobiens, et plus couramment désignés sous le terme de « résistome ». L'origine de ce résistome dans des environnements où les concentrations d'antibiotiques sont bien en dessous des concentrations thérapeutiques est encore mal expliquée. Cependant de plus en plus d'antibiotiques (comme de nombreux autres composés à usages pharmaceutiques) se retrouvent désormais dans les milieux aquatiques du fait de leurs rejets via les eaux usées collectées et traitées dans les stations d'épuration et les apports agricoles suite aux traitements vétérinaires ou à l'épandage des déchets (boues d'épuration). Bien que les antibiotiques puissent être dégradés dans l'environnement, leur apport dans les cours d'eau est continu et provoque ainsi une contamination chronique persistante et une pression de sélection au sein des écosystèmes aquatiques.
Date limite de candidature : 21 mai 2018
